Совершенно точно известно древнейшее, полностью сохранившееся, до наших дней культовое сооружение Москвы (оно же по совместительству и древнейшее сохранившееся здание Москвы просто) - это Успенский собор Кремля. Действительно, он никогда не взрывался, не разбирался, не сгорал (горел, но незначительно). Тут споров быть не может.
А вот за статус старейшего здания в городе (естественно это тоже будет храм, гражданское сооружение сохраниться шансов практически не имеет) идут споры - по датировке сюда подходит Успенский собор Андроникова монастыря постройки 20-х годов XV века. Но тот очень значительно пострадал при разорении Москвы 1812 года, да и при последующем восстановлении и века XIX и XX. По сути от XV в. там осталось процентов десять.
А вот Храм святого Трифона в Напрудном, о котором собственно и речь идёт (а это была длинная увертюра), был возведен в конце XV века (официально - 1492 год, но это ничем не подтверждено, летописей не сохранилось). Согласно легенде, церковь была построена сокольничим Ивана Грозного (по другой версии, Ивана III), Трифоном Патрикеевым, который упустил царского сокола во время охоты. Это могло стоить ему жизни, и сокольничий горячо молился святому Трифону, своему покровителю, чтобы он помог найти сокола. Явившийся сокольничему во сне святой указал место, где находится птица; в благодарность Трифон возвёл на этом месте храм в честь святого Трифона. Красивая легенда)
От пожаров он не страдал по причине того, что место расположения и сейчас то не центр, а раньше и вовсе была глухая окраина. И, хотя и был взорван в 1932, утрачены были приделы, пристроенные в XIX веке, основная часть объема XV века не пострадала - видимо, как водится, часть динамита украли. Эта часть собственно и послужила основой восстановления церкви в 1940-х годах.